Né d'Etienne Guigues (1792 - 1848) et d'Augustine Besson (1803 - ), il épouse en première noce Marie Modeste Joséphine Garnier (1832 - 1854) puis en seconde noce, le 27 octobre 1858, Clara Adelaïde Estachy (1828 - 1904).

Le couple aura trois enfants :

- Marie Marguerite Augustine Léonie Adèle Guigues, mariée le 11 juillet 1881 avec François Loppé.

- Clément Guigues.

- Pierre Paul Emile Guigues (1868 - 1930), marié à Bordeaux avec Hélène Antoinette Marie Roederer (1877 - 1963), fille du général Paul Roederer. Le couple aura neuf enfants :

        Maurice Marie Lucien Guigues 1910-1987, marié le 27 juin 1938 à Beyrouth, Liban, avec Alice Françoise Jacqueline Borel
              Paul-Emile Guigues marié à Georgette Habisse
              Pierre Etienne Marie Guigues 1903-1935, médecin officier mort en Indochine.
              Jean Georges Emile Guigues 1911-1979 marié avec Andrée Nicolas 1912
              Marie Claire Guigues, religieuse, directrice de collège en Palestine
              Magdeleine dite Ba Guigues 1907-1983
              Elizabeth Marie Camille Guigues 1909-1997, mariée avec Robert Albert Fernand Hervé 1914-1957 
              Agnès Marie Geneviève Guigues 1913-2003 mariée avec Pierre Rochat 1903-1978
              Paulette Guigues, 1917-1993 mariée avec Bernard Quris